西芳寺（さいほうじ）は、京都市西京区松尾にある臨済宗の仏教寺院。天龍寺の境外塔頭だったが、現在は離脱して単立寺院。庭園は約120種の苔に覆われ、苔寺（こけでら）の通称で知られる。山号を洪隠山と称する。本尊は阿弥陀如来、開山は行基と伝え、中興開山は夢窓疎石である。「古都京都の文化財」として世界遺産に登録されている。
伝承によれば、西芳寺のある場所は飛鳥時代には第31代用明天皇の皇子である聖徳太子の別荘があり、太子作の阿弥陀如来像が祀られていたという。
奈良時代に至って、第45代の聖武天皇の勅願を得た行基が別荘から寺へと改めたと伝える。当初は法相宗寺院で「西方寺」と称し、阿弥陀如来を本尊、観音菩薩と勢至菩薩を脇侍とした。畿内49院の一つであった。
平安時代初期の806年には第51代平城天皇皇子である真如法親王が草庵を結び修行をしたという。また真言宗開祖である空海が入山し、黄金池にて放生会を行ったという。
鎌倉時代には摂津守の中原師員（摂津氏の祖）が再興し、西芳寺と穢土寺に分けられた。招かれた法然によって浄土宗に改宗され、本尊は金泥にされたという。 その後に親鸞は愚禿堂を建立して寺に滞在している。 鎌倉幕府第5代執権であった北条時頼が桜堂（おうどう）を建立したが、建武年間に再び寺は荒廃している。
暦応2年（1339年）室町幕府の重臣である摂津親秀（松尾大社の宮司でもあった）がふたたび再興し作庭の名手でもあった夢窓疎石を招いて臨済宗（禅宗）に改宗された。
この時に西方寺と穢土寺は統一された。元の寺名「西方寺」は、西方極楽浄土の教主である阿弥陀如来を祀る寺にふさわしい名称であるが、夢窓疎石はこれを「西芳寺」と改めた。「西芳」は「祖師西来」「五葉聯芳」という、禅宗の初祖達磨に関する句に由来する[2]。 1342年に北朝初代の光厳天皇が、室町幕府初代将軍の足利尊氏を従えて寺に行幸。 1382年に3代将軍の足利義満が西芳寺を訪れ、道服を着用して指東庵で坐禅に徹宵した。その後何度も訪れ、西芳寺を模して創建したのが鹿苑寺（金閣寺）である。
応仁の乱（1467-1477年）で東軍の細川勝元の陣が敷かれた。1469年に西軍の攻撃により焼失。 1485年には洪水により被災し、本願寺の蓮如により再興された。 室町幕府第8代将軍の足利義政により指東庵が再建された。義政もその後何度か訪れ、西芳寺と鹿苑寺を模して創建したのが慈照寺（銀閣寺）である。
安土桃山時代の1568年には丹波国の柳本氏による兵乱により焼失。織田信長が天龍寺の策彦周良に命じて再建させた。
江戸時代には寛永年間と元禄年間の2度にわたって洪水にも見舞われ荒廃した。元は枯山水であった荒廃した庭園が苔で覆われるのは江戸時代末期に入ってからのようである。すぐそばに川が流れる谷間、という地理的要因が大きい、とされる。 幕末の1862年には公卿・政治家の岩倉具視が一時湘南亭に隠棲した。
明治維新の神仏分離令の廃仏毀釈により、境内地は狭められて荒廃した。