東京都薬用植物園（とうきょうとやくようしょくぶつえん、西称：Jardín Metropolitano de Tokio de Plantas Medicinales）東京都小平市にある東京都営の植物園。規模は31398平方メートル。 東京都健康安全研究センター 医薬品研究科によって運営。管理については、公益社団法人東京生薬協会に委託。 植物園としての東京都庭園ではなく薬草植物園の国際的な承認コード（ BGC ）では、その植物標本の頭字語はTOKMMです。
時点で、植物園は主に日本の薬局方で使用されている植物、特にオケラ (植物)Atractylodes 、 カンアオイ属（Asiasarum）、タツナミソウ属（Scutellaria） などの 1671種以上の植物を収容しています。
用途に応じて、植物は14のセクションに分類されています。
熱帯植物の冷室と温室 、メコノプシス属 （Meconopsis betonicifolia）、インドジャボク（Rauwolfia serpentina）、 チョウジ（Syzigium aramaticum）、 イエライシャン（Telosma cordata） 等
ボタン (植物)（Paeonia suffruticosa）、ベニバナ（Carthamus tinctorius）、トウキ（Angelica acutiloba） 、ミシマサイコ （Bupleurum scorzonerifolium）など伝統的な漢方（中国と日本）で使用されている植物等
クリンソウ（Primula japonica） 、ドクゼリ（Cicuta virosa） 、コウホネ （Nuphar japonicum）、 ホソバヒメガマ（Typha angustifolia）など端に生長する薬用および有毒植物等
食糧および薬学で使用される低木、 ウメ 、サンシュユ、Catalpaのovata（キササゲ）、 Akebiaのキナタ（アケビ）等
日本薬局方、 ドクダミ（Houttuynia cordata）、エビスグサ（Cassia tora） 、ジュズダマ（ Coix lacryma-jobi var）の植物。ハトムギ（ma-yuen）、ゼラニウム（thunbergii）等
ケシ属（Papaver、カンナビス（Cannabis）、Papaver somniferum 、 Papaver setigerum 、ハカマオニゲシ（Papaver bracteatum） 、アサ （Cannabis L.）の実験作物等
日本の製薬業界で使用されている植物、 ハシリドコロ（Scopolia japonica）、 ジギタリス（Digitalis purpurea）、 チョウセンアサガオ（Datura luxury）、 イヌサフラン（Colchicum autumnale）等
有用な植物、ヒナゲシ 、アジサイ、 thunbergii 、ソバ（Fagopyrum esculentum） 、ワタ属（Gossypium spp）等
染料植物および芳香性ハーブ、カモミール（Matricaria recutita）、ラバンジン （Lavandula hybrida） 、アイ (植物)（Persicaria tinctoria）、ウスベニアオイ（Malva sylvestris）等
外来薬用植物、ホソバオケラ（Atractylodes ovata 、 Crataegus pinnatifida 、 Mucuna membranacea 、Atractylodes lancea DC VAR）、キネシス等
有毒植物、フクジュソウ （Adonis amurensis）、アセビ（Pieris japonica）、センニンソウ （Clematis terniflora）、ヒガンバナ（Lycoris radiata）等
アルパイン薬用植物、 スノードロップnivalis L.、トウテイラン（ヴェロニカornata）、 オミナエシ属のscabiosifolia 、 リンドウの VAR。ビュルゲリ 等
下層の薬用植物、カタクリ（Erythronium japonicum）、オウレン （Coptis japonica var.s）、ヤブラン（Liriope platyphylla）等
実験作物、ウスバサイシン (Asarum sieboldii)、ホソバオケラ（Atractylodes ovata）、キキョウ (Platycodon grandiflorum)、丹参 (Salvia miltiorrhiza)等