神呪寺（かんのうじ、神咒寺）は兵庫県西宮市甲山山麓にある真言宗御室派別格本山の寺院。通称甲山大師（かぶとやまだいし）と呼ばれる。新西国三十三箇所第21番札所。
寺号の「神呪寺」は、「神を呪う」という意味ではなく、甲山を神の山とする信仰があり、この寺を神の寺（かんのじ）としたことによるという。なお、「神呪」（じんしゅ）とは、呪文、マントラ、真言とほぼ同義で、仏の真の言葉という意味がある。開山当時の名称は「摩尼山・神呪寺（しんじゅじ）」であり、「感応寺」という別称もあったようだ。
鎌倉時代末期の禅僧、虎関師錬の『元亨釈書』「如意尼伝」に神呪寺の開基について、記載がある。 それによると、神呪寺は第53代淳和天皇の第四妃（後の如意尼）が開いたとする。一方、『帝王編年記』には、淳和天皇皇后の正子内親王が天長4年（827年）に橘氏公、三原春上の二人に命じて真言宗の寺院を造らせたとある。
皇太子時代の淳和天皇は夢告に従い、四天王寺創建に伴って聖徳太子が開基した京都頂法寺にて、丹後国余佐郡香河（かご）村の娘と出会い、これを第四妃に迎えた。香河では小萩(こはぎ)という幼名が伝わり、この小萩=真名井御前をモデルとした小萩観音を祀る寺院がある。古代、丹後の国は中央氏族とは別系統の氏族（安曇氏などの海人系氏族）の勢力圏であり、大王家に対し后妃を出す氏族であった。この余佐郡の娘、小萩は日下部氏の系統である可能性が高い。